מינהלת המעברים הוקמה ביוני 2005 במטרה לאזרח את פעילות המעברים היבשתיים (בין ישראל לרש"פ). בראשה עמד תא"ל (מיל') בצלאל טרייבר.
המעברים הראשונים שעברו לידיים אזרחיות היו מעבר שער אפרים (בסמוך לטול-כרם) ומעבר ארז (בסמוך לרצועת עזה).
ב- 2009 זכתה המינהלת למעמד של יחידת סמך במשרד הביטחון ושמה הוסב לרשות המעברים היבשתיים. בראש הרשות, עומד ארז צידון והוא כפוף ישירות למנכ"ל משרד הביטחון. רשות המעברים היבשתיים פועלת בהתאם למדיניות משרד הביטחון והנחיות המשטרה והשב"כ.
